1685 yılında orgculuk yapan Johann Ambrious’un en küçük oğlu olarak dünyaya gelen Johann Sebastian 10 yaşında yetim kaldı. 

Bunun üzerine Ohrdruf’a giderek klavye ve org konusundaki ilk eğitimini ağabeyi Johann Cristian’dan aldı. 1700’de San Michel kilisesinde koroda çalışmaya başladı. 3 yıl boyunca bu görevde kaldı. Bu sırada orgcu George Böhm’den çok şey öğrendi. 18 yaşında Arnstadt’taki Neueskirche’ye orgcu olarak atandı.

1707 yılında kuzeni Maria Barbara ile evlendi. En güzel eserlerinden biri olan Re Minör Toccata ve Füg’ü (BWV 565) bu dönemde bestelemiştir.

1708’de Weimar sarayında işe başladı. Dük Wilhelm’in isteği üzerine, daha çok org üzerine yoğunlaştı. 1717’de dinî bestelere fazla ilgisi olmayan Anhalt-Köthen Prensi Leopold’un müzik yönetmeni olunca, oda ve orkestra müziğine ağırlık verdi. Birçok keman-piyano, viyola, gamba-piyano sonatı besteledi. Brandenburg Konçertoları’nı da 1721’de Köthen’de tamamladı. 

1720’de eşini kaybeden Bach, 1721’de 20 yaşındaki Anna Magdelena Wilcken ile ikinci evliliğini yaptı. Bu sırada Köthen’de müziğe olan ilgi azalmış, Bach’in hayat şartları kötüleşmişti. Yeni iş aramaya başlayan Bach, San Thomas kilisesinde koro yöneticisi oldu ve ömrünün sonuna kadar bu görevi devam ettirdi. 
Bu dönemde 250’nin üzerinde kantat besteledi. 
1740 yılında gözleri az görmeye başlamıştı. Bunun üzerine Haendel’in de sağlığını berbat eden John Taylor’a iki kez ameliyat olduktan sonra, ömrünün son yıllarını tamamen kör olarak geçirdi. 

Bach yaşarken, org virtiözü olarak ün yapmıştı, müziği ise eski tarz olarak görüldüğünden, besteci olarak pek sevilmedi. Zamanında Telemann’in ününün yanına bile yaklaşamadı. Günümüzde yüzlerce eserinin yayınlanmasına rağmen, hayattayken sadece 12 eseri basılmıştır. Bach eserlerinin bugün bilinmesindeki en büyük pay ünlü besteci Mendelssohn’a aittir. 

Bach ömrü boyunca hiç ara vermeden, bitmek bilmeyen bir verimlilikle beste yapmıştır. 

Müzik tarihinde en çok eser veren bestecilerin başında gelmektedir. Verimliliğini aile hayatında da sürdüren Bach’in 2 eşinden toplam 20 çocuğu olmuştur. 
Müziği polifonik olarak eşsizdir.

Barok olduğu kadar, Rönesans döneminden de izler taşır. Armoni ve melodi mükemmel olarak dengelenmiştir. Bach’in eserlerinde Fransız ve İtalyan müziğinin sentezini bulmak mümkündür. Hayatı boyunca Almanya dışına çıkmamış biri için yakaladığı kozmopolitlik ilginç bir durumdur. İtalyan yanını Vivaldi’nin Almanya’da yayınlanan eserlerini inceleyerek, Fransız yanını ise Almanya’da yaşayan Fransız klavsenci Froberger’den almıştır. 

Hayatı boyunca opera dışındaki her türde eser vermiştir. Konservatif yapısından dolayı hiçbir yenilik yapmamasına rağmen; çalıştığı her türde en üst seviyeye ulaşmıştır. Wagner’e göre o, tüm müzik tarihindeki en büyük bestecidir.